Le Job-Shop avec Transport Coopératif (JSPT-C) étend le Job-Shop avec Transport (JSPT) en introduisant des opérations de transport nécessitant une équipe fixe de robots capables de coopérer pour déplacer les jobs. Dans ce travail, nous présentons une généralisation de ce cadre, appelée Job-Shop avec Transport Coopératif Flexible (JSPT-FC), dans laquelle la taille de l'équipe mobilisée pour chaque transport devient une décision d'ordonnancement. Cette flexibilité permet d'accélérer les transports via un gain de coopération, mais renforce fortement le compromis entre parallélisme et synchronisation des robots. Nous proposons un modèle PLNE ainsi qu'une métaheuristique GRASPxELS intégrant des opérateurs adaptés à cette nouvelle structure. Les résultats sur 20 instances montrent la difficulté croissante du problème pour les méthodes exactes lorsque le gain de coopération augmente, tandis que notre approche heuristique demeure stable et fournit rapidement des solutions de haute qualité. Les instances et les solutions sont publiquement disponibles pour encourager de futurs travaux.