Dans cet article, nous abordons des problèmes combinatoires en bio-informatique, en nous focalisant sur la modélisation et la comparaison des réseaux métaboliques et génomiques bactériens. Nous étudions la coopération des gènes liés, regroupés en opérons, pour optimiser l'efficacité métabolique. Notre but est d'identifier des séquences de réactions métaboliques où les enzymes qui les catalyses sont codées par des gènes voisins dans le génome. Nous développons des méthodes pour analyser efficacement des données biologiques, en gérant les défis liés aux données réelles. Notre objectif final est de comparer ces séquences entre espèces pour créer des métriques d'analyse inter-espèces, construire des arbres phylogénétiques et découvrir de nouveaux biomarqueurs évolutifs.